Erään näkemyksen mukaan nykyaikana esiintyvä metafysiikan muoto on ontologia, eli oppi olemassaolosta. Ontologia tutkii sellaisia kysymyksiä kuten mitä olemassaolo on ja mitä on olemassa.
Metafysiikka on perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun yleisen metafysiikan. Lisäksi on erotettu erityinen metafysiikka, joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta, mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia, tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa.