Sarjan luoja Paul Scheuring on kommentoinut, että kaudessa tullaan näkemään suurin osa vanhasta näyttelijäkaartista uusien tulokkaiden lisäksi, ja kauden teemana olisi "takaisinmaksu".[4] Uusi juoni luodaan, sillä "suurin osa salaliittoteemasta (noin 90 prosenttia) on käsitelty toisen tuotantokauden loppuun mennessä".
Kolmannessa tuotantokaudessa Michael Scofield on joutunut panamalaiseen vankilaan, Sonaan (täydeltä nimeltään Penitenciaría Federal de Sona eli Sonan liittovaltion vankila), johon joutuvat myös agentti Alexander Mahone, Theodore "T-Bag" Bagwell sekä Fox Riverin entinen vanginvartija Brad Bellick. Sona on pahamaineinen, vaarallisten vankien vankila, ja Michaelin on taas alettava suunnitella pakoa. Muurien ulkopuolella myös Lincoln tekee töitä saadakseen veljensä pois vankeudesta. Salaliittojuoneen liittyvä ryhmä kiristää Lincolnia, ja lopulta lähettävät Lincolnille Saran pään laatikossa. Asiaa ei helpota se, että heillä on Lincolnin poika, jonka avulla he kiristävät Lincolnia.
Kolmas tuotantokausi alkoi Yhdysvalloissa maanantaina 17. syyskuuta 2007.
Kolmas tuotantokausi alkoi Suomessa MTV3-kanavalta 16. syyskuuta 2008.