Marilyn Manson, oikealta nimeltään Brian Warner, syntyi vuonna 1969 Cantonissa Ohiossa Yhdysvalloissa.
Vanhemmat panivat hänet kristilliseen kouluun, jossa hän menetti arvostuksensa kirkkoa kohtaan, kun opettajat ja papit kertoivat Raamatun kuvauksia maailmanlopusta. Myöhemmin hänelle selvisi, ettei tieto ehkä pitänyt paikkaansa. Koulu kielsi tietynlaisen musiikin, ja siksi hän salakuljetti sinne kasetteja, joissa oli mm. David Bowien ja KISSin musiikkia, joiden koulu uskoi sisältävän "saatanallisia" viestejä.
Myöhemmin Brian Warner perusti yhtyeen nimeltä Marilyn Manson & The Spooky Kids. Yhtye tunnettiin kristinuskoa ja Yhdysvaltoja pilkkaavista sanoituksista ja esiintymisestä.
Yhtyeen kehittyessä ja saadessa julkisuutta Brian Warner otti nimekseen Marilyn Manson. Yhtyeenkin nimi lyhennettiin Marilyn Mansoniksi syistä, joihin silloinen levy-yhtiö osaltaan vaikutti.